En un sistema habitual nos podemos encontrar con diferentes versiones de Python instaladas (la 2, la 3 y la 3.5 entre otras). Por lo que, dependiendo de la versión que tengamos por defecto, pip instalará los módulos para ésta.
Para forzar la versión sin tener que cambiar la que esté por defecto nos bastará con utilizar el siguiente comando si, por ejemplo, queremos hacer la instalación para Python 3 del componente pyusb:
python3 -m pip install pyusb